16 marca 2020 r. wpłynęła do Trybunału Sprawiedliwości UE (TSUE) skarga Komisji Europejskiej (KE) przeciwko Polsce. Trybunał Sprawiedliwości UE ostatecznie oddalił skargę KE i obciążył ją kosztami postępowania.
Komisja zarzuciła Polsce naruszenie przepisów dyrektywy 2003/96/WE. Zakwestionowała przepisy krajowe, na mocy których zwolnione z akcyzy są wyroby energetyczne wykorzystywane przez zakłady energochłonne objęte unijnym systemem handlu uprawnieniami do emisji.
Zdaniem KE zakłady energochłonne - aby kwalifikować się do zwolnień na podstawie tej dyrektywy - muszą wprowadzić w życie systemy prowadzące do osiągania celów dotyczących ochrony środowiska lub efektywności energetycznej innych niż cele unijnego systemu handlu uprawnieniami do emisji.
Polska konsekwentnie argumentowała, że przepisy dyrektywy 2003/96/WE nie wykluczają ze zwolnienia zakładów energochłonnych, objętych unijnym systemem handlu uprawnieniami do emisji, i w związku z tym Polska prawidłowo implementowała prawo UE.
Opinia Rzecznika Generalnego, przedstawiona w niniejszej sprawie potwierdziła stanowisko Polski. Rzecznik Generalny uznał, że przepisy dyrektywy nie wykluczają ze zwolnienia od akcyzy zakładów energochłonnych, objętych unijnym systemem handlu uprawnieniami do emisji. Tym samym Rzecznik Generalny uznał, że opinia Komisji nie udowadnia, że Polska naruszyła przepisy dyrektywy 2003/96/WE w tym zakresie.
31 marca 2022 r. Trybunał Sprawiedliwości UE w wyroku oddalił skargę Komisji Europejskiej i obciążył ją kosztami postępowania. Tym samym Trybunał nie uznał argumentów Komisji.
Trybunał stwierdził, że nie znajduje oparcia w brzmieniu przepisu dyrektywy 2003/96 twierdzenie Komisji, że pojęcie „systemu zezwoleń handlowych”, o którym mowa w art. 17 ust. 1 lit. b) i art. 17 ust. 4 dyrektywy 2003/96, należy interpretować w ten sposób, że odnosi się ono jedynie do systemów prowadzących do osiągania celów dotyczących ochrony środowiska lub do podwyższenia efektywności energetycznej ponad to, co wynika z funkcjonowania innych obowiązkowych systemów.